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不久后，朱元璋率部南渡长江，攻克太平，改太平路为太平府。奉韩林儿上谕，置太平兴国翼元帅府，诸将奉上为大元帅。
朱元璋命李善长为帅府都事，掌管太平府一切大权，也留下数员大将率领兵马以固防御。
而北方天长与盱眙两县则由徐达与常遇春分别攻取，这令元军大为紧张，而张士诚于同年却突然在攻取数座城池后降了元廷，居然受到元廷册封为“太尉”之职，令天下义军首领皆为之不齿。
第二年三月，朱元璋亲到前线督军，进攻集庆路，由于有商羽所提供地密兵不断为其提供消息，而躲避过元军主动出袭地主力大军。
而张天与郭天叙偏是率领一支人马来至前线欲图占领军功，朱元璋假做应允而两人率领兵马与部将陈野先会合，郭天叙在当晚直接被早有反意的部将陈野先杀死，张天则被灌醉后抬入集庆府，至此郭家军名存实亡，虽然郭天叙还有两位弟弟，但其人连乃兄都不如，何能令诸将心服？
两日后，陈野先的人头自溧水葛仙乡一带被少年密兵杀死送至朱元璋地大帐之内。
“贤弟，这陈野先当真是大逆不道，若非本帅同意都元帅与右副元帅前去与他们合兵一处。怎么会令我军痛失两位元帅，所谓哀兵必胜！我军当以为两位元帅戴孝攻城为报，誓死攻克集庆，如此才能告慰两位元帅在天之灵。”大帐之中，朱元璋两眼含泪地向随侍在身侧地商羽说道。
此次连环妙计，不但令早有反意地陈野先杀死朱元璋本就觉得十分碍眼的两位顶头上司，也令陈野先将张天与郭天叙所带来的郭家军的班底消耗殆尽，而朱元璋却丝毫没有背上骂名，这是对郭天叙与张天恨之入骨地商羽所出之计，而朱元璋听后却是欣然采纳。
“翼元帅当以兵家战事为重，不可过度悲伤，商羽愿随排弩阵出征助阵指挥，请元帅下令！”此时的商羽个子又长高许多，唇前的胡须也更为加重，只不过离开泉州一年多，商羽此时已然是朱元璋除去李善长外最为亲近地谋士，便是汤和也常夸赞在佯攻集庆时商羽的谋略得当，令前方万名兵士均在一年内由新兵成为了老兵。
朱元璋眼中闪过一丝欣慰之色，商羽手中弩炮将是攻下集庆这座城坚兵强重镇地奇兵，而商羽却毫不居功，只愿在事后欲图经营集庆府筑城之事，这让朱元璋本对商羽有些疑惑之心尽去，加之商盟不断将大批财物运至滁州军中，完全不注重刘福通那位自居丞相之辈，明显是看好滁州红巾军。
少年密兵早已经潜伏进入集庆府内部各乡镇间，不断有元军兵马向城内收缩地报告传来，此刻当是率领兵马攻克集庆府的最佳时刻。
“好！众将听令，胡大海率五千水军乘船沿江而上从水路佯攻，待得陆路将水闸打开方可冲锋。徐达将军，率两千五弦弓手一万步兵以两千人为一队攻城，但要尽量减少伤亡。”
“商羽听令，命你率排弩营在后紧跟徐将军其后缓慢推进，其余诸位将军在侧翼等候本帅军令行事，不得有误！”朱元璋此时浑厚地声音在大帐中震得诸将大声应命。
“遵元帅大人令！”商羽也退离朱元璋身侧，来到诸将站立处半跪于地接受传令兵发下令箭。
快要到攻城地时刻了，弩炮的威力商羽是很清楚地，但这种弩炮在攻打下集庆府后，很可能就会被朱元璋扔进府库永不复用，商羽心内暗自叹息。
以他心中所学，若是在此基础之上加以改良必能制出更为犀利地攻城炮，但朱元璋却嘱咐他去研究射杀单独兵士地火器，这是商羽所不愿做地，但朱元璋却是以天下大义相劝，商羽不得不同意朱元璋之意。
攻城火器可以攻取城池，但射杀单独兵士地火器商羽很是担忧，那不但要浪费大量钱财也会令战争变得更加残酷，到时天下间的战斗模式可能都会发生改变。
商羽并不清楚，此时在西方正有一些公国的王族正在积极打探深处战火的华夏大地中的火器制造方法，因此不惜耗费相对于公国巨资的消耗正在建造战船。
这是未来商羽所必须要直接面对地一件历史事件，也因他之功在未来华夏海疆数百年皆无敌大规模来犯，只有那如蟑螂一般地大和倭寇不断小股侵扰我华夏海疆。
攻打集庆府之战足足耗费三日，商羽的弩炮在将城墙轰开一条裂缝后，义军便如潮水一般冲入城中，取下部分城墙后，五弦弓手起到了极大作用，完全压制住悍不畏死的元军在城内十数次反扑。
当义军将城中水闸放开之后，胡大海率领水军进入城中封锁水道之后，元军这才彻底慌乱，但这些元军竟然由百户固守街巷，开始了长达数日地巷战。
那居于城内城中的普化帖木儿居然在封锁内城三天后，天真地穿上平民服装想要逃脱，却被数名城中汉家被其**过的女子当声认出，头颅割下后送至朱元璋帐中，而身躯则被义军将士乱刀垛成肉酱，被城内汉民所养犬只所食。
守在内城地兵士们在看到普化帖木儿的首级后，急忙到帅堂求证，得知主将果然背弃全军逃跑而且已然身死，这才绝望地打开内城投降。
“贤弟，你说那张士诚是否很有趣？居然从水路运来上万担粮食要送给普化帖木儿！结果被本帅直接连人带船全扣下来了。”朱元璋站在集庆府城头上向着身边的商羽微笑着说道。
“大哥，此处无人，我想问下，您是否有意要在不久后对张士诚动手？”商羽略微惊讶地问道。
“贤弟，还不到时候，等我将集庆府改名为应天府后再向他下手不迟，这厮数次喊叫着为天下民众请命却两次三番向元廷投诚，若不除去他我心实难安，只是此贼目前势大，我军刚攻下集庆不久，全军需要休整啊！”朱元璋叹息一声说道。
城内战事还未完全结束，但已经开始在清扫战场，只有少数躲藏在民居内的蒙元兵士跳出来还试图杀死一两名义军兵士，只是随即便会被砍杀至死。
江南一地两万蒙元铁骑兵士尽皆被屠，数万汉民兵士尽皆投诚义军，此役朱元璋这才开始真正天下间众多豪杰重视并有诸多 义军将领纷纷来附。