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（一）荷兰的侵略和殖民统治
印度尼西亚由三千多个大小岛屿组成，在17世纪中叶处于分裂割据状态。群岛上的伊斯兰教封建王国主要有：东爪哇的马塔兰、西爪哇的万丹、苏门答腊的亚齐和苏拉威西的戈阿等。在加里曼丹等岛屿上，还残存一些印度教王国。
印度尼西亚各地区的社会经济发展很不平衡。在爪哇，封建的自然经济占主导地位；在沿海地区，商品货币关系和手工业都比较发达。封建地主让商人承包税收，越来越多地用货币租税代替实物租税。在其他各岛上，社会经济则显著落后，有的地区（如苏拉威西）盛行奴隶制，有的地区（如新几内亚）还处在原始公社制阶段。
印度尼西亚，特别是马鲁古群岛出产珍贵的香料（胡椒、豆蔻、丁香等），一向驰名于东方和欧洲市场，早就为欧洲殖民者所垂涎。为了垄断香料贸易，葡萄牙人第一个侵入了印度尼西亚。在1511年强行占领了安汶岛。这是印尼遭受殖民侵略的开端。
荷兰人接踵而来。1596年6月，科尔尼里斯·德·霍特曼率领一支荷兰船队首航印度尼西亚。霍特曼抵达万丹港，态度蛮横，并用武力劫夺了两艘爪哇船。为此，万丹素丹将其监禁，罚款后驱逐出境。离开万丹后，他们继续航行到马鲁古群岛，要求通商，均遭拒绝，只得扬帆回国。1598年荷兰人又作第二次远航。由范尼克率领八艘船只于11月到达万丹。这时正值万丹与葡萄牙殖民者发生武装冲突，荷兰人乘机向万丹素丹提供一些助力。葡人被击退后，荷人邀功，获准设立办事处，买得大量胡椒，满载四艘船只先驶回国，获利400％。其余四艘继续沿爪哇海岸前进，在班达、安汶等地搜购香料，并在安汶设立一个收购站。这次远航既掌握了到印尼的航线，又获得两个立足点，为rì后进一步侵略创造了条件。
从1599年至1601年，荷兰先后组织了十多次远航队到印尼搜购香料。一时经营东方物品的公司林立，彼此进行着激烈的竞争。1602年，荷兰国会通过决议，把各公司联合成一个大公司，名为联合东印度公司，简称东印度公司。该公司集合资本250万盾，由国会给予特许证，有权用国会名义发动战争，签订条约，占据土地，建筑炮垒等。
东印度公司成立后，一方面攻夺葡萄牙人和西班牙人在印尼的据点；一方面把以前各公司分别设立的收购站统一起来，改为联合公司的商馆。在17世纪的最初十年，公司先后征服摩鹿加群岛上的素丹小国，控制盛产香料的安汶、德那地、帝多利和班达群岛。1610年，东印度公司在印度尼西亚设置总督府，任命彼德尔·坡施为首任总督。他用2700盾在雅加达购得一片土地，建筑房屋、仓库和堡垒。1619年荷兰和英国殖民者因争夺雅加达而发生火并，结果英国办事处被摧毁，市区化为灰烬，荷兰人占领了雅加达。1621年雅加达改名为巴达维亚，成为荷兰侵略印尼和亚洲各国的大本营。从此以后，荷兰殖民者的侵略重点移到了爪哇岛。他们对强大的马塔兰王国和万丹王国采取“分而治之”的政策，“不断地唆使这两个王国之间相互斗争，以削弱它们的力量。”
自从荷兰殖民者侵占雅加达后，马塔兰与东印度公司的矛盾rì益尖锐。阿贡素丹力图驱逐荷兰人出境。他先后派兵占领马都拉、泗水和井里汶等国，并制定专卖政策，禁止人民售米给荷兰人。1628年至1629年，马塔兰出兵攻打巴达维亚，但未成功。阿贡素丹的后继者阿孟古拉一世，是一个残暴的君主。1674年，马都拉王子杜鲁诺佐约举行起义，进军爪哇，得到当地居民的热烈欢迎。荷兰殖民者妄图以“援助”为名，行奴役之实，遭到杜鲁诺·佐约的坚决拒绝。起义者在赶走欧洲强盗和恢复麻诺八歇国家口号的鼓舞下，连战皆捷。阿孟古拉一世惊慌失措，逃离首都，投靠东印度公司，但很快死去。其子阿孟古拉二世于1677年和公司订立卖国协定，同意公司在马塔兰领土上免税贸易，割让加拉横和勃良安地区以及爪哇北岸的三宝垄，偿付公司因给予援助而耗费的全部费用，将马塔兰全部海港暂交公司使用；荷兰殖民者则同意出兵镇压杜鲁诺·佐约起义。1678年，东印度公司调动大批军队侵入马塔兰。起义者顽强抗击，到1679年底终为侵略者所镇压，杜鲁诺·佐约被害。
荷兰殖民者控制了马塔兰以后，开始侵略万丹。1651年阿庚素丹即位后，尽力抵制荷兰的侵略，建立了一支jīng锐的舢板队，给荷兰人的海上活动以很大的威胁。阿庚素丹还拥有欧式帆船，远航印度与菲律宾。当时万丹港盛极一时，贸易发达，港口上又筑有欧式的炮台，足资防守。但是，70年代后，万丹王国逐渐走上衰亡道路。因王位继承争执，万丹宫廷分为两派：一派是父王派，另一派是王子哈夷素丹派，两派内争，削弱了万丹的国力，给荷兰殖民者以可乘之机。1680年，哈夷素丹乘父王准备攻打巴达维亚之际，发动宫廷政变，夺取政权，父子兵戎相见，达两年之久。哈夷素丹向东印度公司求援。荷军于1681年开赴万丹港口，激战数月，阿庚素丹为荷军所俘。哈夷素丹于1684年同荷兰东印度公司签订不平等条约，确认荷兰在万丹及其苏门答腊属地楠榜享有贸易垄断权，并支付巨额军费。万丹变成荷兰的属领。
在此之后，荷兰殖民者不断地利用马塔兰和万丹王国的封建内争，迫使它们签订割地赔款的不平等条约，一步一步地使它们完全丧失dú lì，成为公司的殖民地。
东印度公司在爪哇建立了两种占领制度：公司直辖殖民地和藩属土邦。到18世纪末期，直辖地占爪哇总面积的五分之三，总人口的二分之一以上。直辖地由公司委任荷兰人为省长，掌握最高权力，保留原来印尼封建王公的特权地位，让他们担任各级殖民机构的官吏。藩属土邦在爪哇有万丹、井里汶、梭罗、rì惹和莽古尼卡兰。它们名义上是“dú lì的”，由各邦素丹统治，但公司派驻的驻扎官却拥有极大的权力。他直接干预王位继承，监督与东印度公司签订的奴役xìng条约的实施。
为保证高额利润，东印度公司实行垄断贸易制度，独占了产品交换的全过程。在收购方面，公司规定一定的地区种植指定的产品，例如安汶岛种植丁香，班达岛生产肉豆蔻，勃良安种植咖啡，并以低廉的价格卖给公司。为防止“走私”贸易，公司每年派出船队四出巡逻。违者要遭到残暴的惩罚。因为班达岛的居民把肉豆蔻卖给了非荷兰籍的商人，东印度公司几乎把班达岛的全体居民（约15，000人）都杀光了。在贩卖方面，公司独占某些商品的专卖权。它与藩属土邦签订条约，规定棉布、鸦片等商品由公司输入。垄断贸易制度给公司带来了惊人利润。公司在安汶和班达以7分钱收购1磅香料，运到荷兰则以300分（3盾）的高价出售。在爪哇收购食盐每石费用仅6盾，运到苏门答腊每石卖价50盾至70盾。
东印度公司在直辖地实行实物定额纳税制，规定各州应承担一定数量的贡品份额，各州再把贡品摊给各村，由村长强迫农民种植。在藩属土邦实行强迫供应制。强迫供应制首先实行于马塔兰，规定马塔兰每年以最低价格供应公司一定数量的大米。后来推行到其他土邦，如万丹供应胡椒，井里汶供应蓝靛、蔗糖、大米、木材等，勃良安供应木材、大米、胡椒、牲畜、棉花等。无论是贡品或供应品，都由各级官吏负责运送到雅加达。按规定，公司应付给生产贡品或供应品的农民以微薄酬金。而这一点点酬金大都被荷兰职员和各级官吏装入腰包。
东印度公司还在印尼实行盗人和贩卖奴隶的制度。为了掳掠奴隶，公司最初在苏拉威西实行盗人制度。马克思说：“荷兰人为了使爪哇岛得到奴隶而在苏拉威西岛实行盗人制度。为此目的训练了一批盗人的贼。盗贼、译员、贩卖人就是这种交易的主要代理人，土著王子是主要的贩卖人。盗来的青年在长大chéng rén可以装上奴隶船以前，被关在苏拉威西的秘密监狱中”。公司还与巴厘等岛屿的封建主缔结供应奴隶的协定，并到中国东南沿海掳掠中国居民到印尼为奴。雅加达一度成为一个贩卖奴隶的大市场，1778年仅巴厘奴隶就有13，000名。奴隶从事各种繁重的劳役，在欧洲人开办的种植园作苦工。例如，荷兰殖民者在消灭班达岛的居民以后，把班达岛的土地分给荷兰的退伍军人，使用奴隶种植肉豆蔻。这些荷兰种植园主靠残酷剥削奴隶而变成了富翁。
荷兰殖民者通过这些奴役方式，从印度尼西亚掠夺了大量财富。在1602～1615年间，公司年平均利润率为32.5％，1650年竟高达500％。1750～1759年间，从印度尼西亚汇回荷兰的汇款每年平均250万盾，1770～1779年间平均每年400万盾。掠夺去的金、银和宝石的价值约等于汇款的两倍。与此相反，印度尼西亚人民则陷于饥饿、贫困的境地，以致人口减少、土地荒芜。
（二）苏拉巴蒂起义和“红溪事件”
荷兰殖民者的侵略和掠夺，不断激起爪哇各地人民的起义和反抗。17世纪末年爆发了苏拉巴蒂领导的反荷起义。苏拉巴蒂原是巴厘人，名叫翁栋，在一次内战中被俘，卖给荷兰人，送到巴达维亚当奴隶，后来又在公司的军队中当兵，升为军官。在东印度公司与万丹进行战争时，苏拉巴蒂因不堪忍受荷兰军官的ling辱，带领自己的同伴，在勃良安起事，反抗荷兰殖民者。万丹素丹投降后，苏拉巴蒂转移到马塔兰，受到阿孟古拉二世的欢迎。荷兰派军进攻，在卡尔达苏拉战斗中，得到马塔兰支持的苏拉巴蒂打败了荷军。随后，苏拉巴蒂占据了巴苏鲁安，得到当地农民的广泛支持，其辖区rì益扩大。
1703年，阿孟古拉二世去世，由其子阿孟古拉三世继位。阿孟古拉三世比其父更坚决地联合苏拉巴蒂，共同反抗东印度公司。事态的发展引起了以其叔父邦格兰·甫格尔为首的封建王公的不满。邦格兰·甫格尔逃往三宝垄，与东印度公司勾结，自立为王。1705年他与东印度公司签订新约，承认井里汶、勃良安和马都拉东部地区归东印度公司管辖。东印度公司出兵协助他镇压苏拉巴蒂起义，反对阿孟古拉三世。1706年10月，东印度公司的军队进攻庞吃，苏拉巴蒂英勇抵抗，荷军伤亡惨重。不幸，在这次战役中苏拉巴蒂受伤，不久在巴苏鲁安去世。次年，荷军继续进攻由苏拉巴蒂三个儿子率领的起义军，巴苏鲁安被荷军占领，起义军余部退到玛琅。1708年阿孟古拉三世向荷兰投降，被流放到锡兰岛（今斯里兰卡）。苏拉巴蒂的子孙们坚持抗荷斗争，直到1767年。
苏拉巴蒂起义尚未完全平息，1740年又爆发了华侨与印尼人民的联合抗荷斗争。荷兰占领巴达维亚的初期，为了解决劳动力的不足，竭力招引和掳掠华工从事手工业和农业生产。1706年，雅加达的华侨已超过1万人，1720年增至6万人，市郊的华侨尚未计入。华侨人数的增多和经济势力的加强，使荷兰殖民者rì益不安。他们认为富裕的华侨是他们的竞争对手，而贫苦华侨则是他们的反对者。于是便决定采用野蛮手段，对华侨进行排斥、打击和迫害。
1706年，荷兰殖民政权颁布限制华侨入境的命令，规定只有取得“入境许可证”的人方可入境。领取入境证要缴纳十盾；已入境的人要领取“居留证”，纳费五盾。1722年，殖民政权下令拘捕雅加达的所谓“无业华侨”，并禁止华侨在路旁开设饮食商店和随意外出旅行，被捕者部分被遣送回国，部分送往锡兰岛和南非充当奴隶。1727年，殖民者又逮捕所谓没有居留证的华侨。1740年7月25rì，荷兰殖民总督命令贫苦华侨登记，以便送往锡兰，充当苦力。命令发布后，没有一个华侨奉命登记。于是殖民者蛮横宣布：凡是殖民政权认为可疑的人，不论其是否贫穷或有否居留证，一律逮捕审查。许多勤勤恳恳的华侨被捕，甚至被戴上手铐，押往锡兰岛。他们在途中受到的非人待遇，绝大多数被折磨至死。当死里逃生的华侨潜回雅加达并把殖民者的罪行公诸社会之后，广大华侨义愤填膺，一致认为：与其坐而待毙，不如起而反抗，庶几死中求生。大起义时机成熟了。
当华侨正在酝酿反荷起义之际，惧祸者纷纷逃往甘打利亚，荷兰殖民者派兵追击，很多华侨被杀，被捕者多至数百人。于是群情鼎沸，华侨终于被迫在1740年10月9rì掀起了轰轰烈烈的反抗荷兰殖民者的大起义！
本来起义的领导者连怀、林楚等计划分兵两路，一路自丁加兰进攻文登墟炮台，一路从望加寺攻击荷兰兵营，俟得手后，再合力进攻巴达维亚，扫荡殖民者的军事巢穴。但是林楚私受贿赂，出卖起义计划，致使荷兰殖民者得以从容布置，作了准备。因此，攻击荷兰兵营的队伍遭受重大伤亡，攻击炮台的队伍也受阻无功。在此紧急关头，进攻炮台的队伍恐怕贻误战机，遂直接进攻巴达维亚。这时，凶狠的荷兰殖民者一面杀死狱中华侨，炮轰起义队伍和华侨居留区；一面调集军队，组织流氓恶棍，大肆洗劫华侨商店住宅。起义队伍在巴达维亚西门、南门、文登墟及望加寺一带苦战七rì七夜，最后终因组织松懈、武器不良、粮弹两缺，伤亡太大而转移。在此次荷兰殖民者一手制造的大屠杀中，华侨惨死数万，所流的血把河水都染红了，故称这次起义为“红溪之役。”
红溪事件后，起义者在黄班等人领导下，联合印尼人民，共同进攻扎巴拉、淡目等地的荷军侵略据点。直葛、三宝垄、泗水等地都爆发了华侨和印尼人民联合反抗荷兰殖民者的武装斗争，并先后克服南望等城市，起义声势非常浩大，起义浪cháo弥漫全岛。甚至连封建王公如马塔兰素丹巴古·甫握诺二世等也暗中和起义队伍互通声气，待机而动。后来巴古·甫握诺二世虽因形势不利而变节，但他的部下却另立玛斯·卡连迪为新素丹，继续与华侨联合抗荷。1742年6月，起义军攻克首都，巴古·甫握诺偕同荷兰使节逃到坡诺罗科。荷兰军队反扑，先后占领巴当、淡目和扎巴拉。1743年玛斯·卡连迪在泗水投降，起义被镇压。这次起义在华侨和印尼人民反殖斗争史上写下了光辉的一页。
（三）荷、英、法对印尼的争夺
在印度尼西亚人民不断反抗下，东印度公司走上了衰落的道路。公司财政入不敷出，负债累累。到1780年，公司负债总额已达2500万盾，走到了破产的边缘。
同时，东印度公司对印尼的垄断xìng剥削，引起了荷兰国内工业资产阶级的强烈不满，他们要求对印尼实行zì yóu贸易。为此荷兰zhèng fǔ从1796年3月1rì起接管了东印度公司的营业。1800年东印度公司正式解散，荷兰zhèng fǔ接管了它的全部财产，承担了它的全部债务。
19世纪初，印度尼西亚成了英法争夺的对象。1806年，拿破仑占领荷兰，委派亲法的荷兰人丹德尔斯为印尼总督。逃亡英国的荷兰执政威廉成为英国统治集团争夺印尼的工具。1906年底在雅加达港口的荷兰舰队，几乎全部被英国舰队歼灭。
1808年，丹德尔斯来到印度尼西亚，他的主要任务是加强军事，准备对英作战。丹德尔斯强迫各地封建主提供兵员，把殖民军从4000人扩增到19，000人；修筑横穿东西爪哇的公路，全长达1000公里；在泗水、万丹和马都拉等地建军港，筑炮台。这些巨大的工程都是靠当地居民的血汗来完成的，成千上万农民死于繁重无比的劳动之中。例如，在万丹建筑堡垒的1500名农民，没有一个能活着返回家园的。丹德尔斯除保持了剥削爪哇人民的一切旧方法外，还把土地出售给欧洲和华侨商人，凡是向zhèng fǔ承购土地者，不仅可以zì yóu使用购得的土地，而且可以奴役土地上的农民。爪哇人民不堪徭役和苛税之苦，因之在万丹和井里汶等地爆发了反抗殖民暴政的起义。1811年8月，英国驻印度总督明多带领战舰百艘，进攻巴达维亚。人民拒绝支持荷兰殖民者，被强制征募的军队一触即溃。刚到任的荷兰驻印尼总督詹生氏在三宝垄向英军投降，把爪哇统治权移交给英国人。
英国统治印度尼西亚后，委派莱佛士为总督。这个英国工业资产阶级的代理人到印度尼西亚后实行改革，推行了一系列新殖民政策：一、宣布全部土地为宗主国所有，农民为世袭佃农；二、废除强迫供应制，改行地税制，依收成而定税率，税额从四分之一到二分之一，收税以村社为单位，直接向殖民财政机构交纳，地租可用货币或稻米缴纳；三、废除贸易垄断制和国内关卡税，鼓励私人资本开辟、经营种植园；四、分爪哇为18州，每州设一州长，甫巴迪（即封建领主）的权力被削弱；五、设立陪审制。这些政策的实行，活跃了殖民地的商品货币关系，增加了农产品的出口，扩大了英国工业品的市场。印度尼西亚各港口开放后，来爪哇的外国商船在短短的四年内增加了十倍。
拿破仑帝国覆灭后，荷兰恢复dú lì。根据1814年英荷所签订的条约，印度尼西亚重归荷兰统治。荷兰殖民者卷土重来后，首先遇到英、美两国在商业上的竞争。荷兰殖民者因本国经济比较薄弱，无力同工业发达的英国竞争，于是重走老路实行保护关税。1824年，荷兰国王组织尼德兰贸易公司，运输和销售印度尼西亚的土产。又实行新关税法，对进口别国货物课以重税，以保证荷兰在贸易上的优越地位。荷兰殖民者还禁止印度尼西亚封建主出租土地给别国种植园主，要求废除租赁契约，以进一步排挤别国资本的势力。殖民当局沿用了英国实行的土地课税制，并部分恢复东印度公司时期的强迫供应制，扩大咖啡种植。印度尼西亚人民还被迫交纳各种新的苛捐杂税，如门户税、庭院税、牲畜税、稻谷税、迁居税、土地贸易税等，甚至过桥入市也都须纳税，人民极为不满。对出租土地的禁止，使封建主的收入受到影响，许多封建主无法偿还预收的租金，负债累累，因此也对殖民统治产生怨恨。荷兰殖民者同印度尼西亚社会各阶级之间的矛盾，终于导致了1825年至1830年爪哇人民大起义。
（四）蒂博尼哥罗领导的人民大起义
蒂博尼哥罗（1785～1855年）是rì惹素丹的庶子，自幼跟随祖母居住在德卡尔列佐（rì惹附近）领地。蒂博尼哥罗对自己的祖国和民族文化受到西方外来势力的蹂躏和摧残怀有极大的愤慨，对荷兰殖民者rì益剥夺印尼贵族的权力，深感不满。他向往麻诺八歇王朝的鼎盛时期，企图恢复贵族的权力和地位，重建一个dú lì强盛的伊斯兰教封建王国。起义前，蒂博尼哥罗实际上已成为封建贵族抗荷集团的领袖人物，他的领地成了反荷人士的聚集地。
蒂博尼哥罗的反荷活动，直接威胁了荷兰殖民者在这一地区的统治。于是，殖民者想尽各种办法，企图消灭这支抗荷力量。他们一面剥夺蒂博尼哥罗继承王位的权利，一面劝诱他迁居rì惹素丹的宫廷，以便于监视。蒂博尼哥罗识破了敌人的yīn谋，拒绝迁往rì惹。荷兰殖民者诡计失败，决定以武力镇压。1825年7月，殖民者借口修筑公路，派重兵包围蒂博尼哥罗住宅，企图逮捕他。蒂博尼哥罗立即组织他周围的人员进行抵抗，并冲出敌军重围。这一事件成了爪哇人民大起义的导火线。
1825年7月20rì，蒂博尼哥罗率领部属在离rì惹约十一公里的斯拉朗发动了武装起义。他发表告人民书，号召人民进行圣战，消灭荷兰殖民者。数rì内有近六万农民响应起义，rì惹王族有七十多人参加起义。梭罗王国的著名阿訇奇阿依·摩佐也来到斯拉朗，成了蒂博尼哥罗的主要顾问。许多华侨参加作战，或供应武器弹药。起义军所到之处严惩了殖民官吏，烧毁殖民者的住宅、仓库、关卡和种植园。
起义军占领了rì惹附近地区，并包围了马吉冷和荷军大本营rì惹。当时，荷兰殖民军正忙于镇压苏门答腊、加里曼丹、苏拉威西的抗荷起义，留守爪哇岛的荷军不多，并散驻在各地。因此，当爪哇的起义军包围rì惹时，被围困在rì惹城堡内的荷兰殖民者丧魂落魄，向总督范·德尔·卡勃仑哀鸣：“我们没有足够的兵力，我们无力坚守下去。……我们将在城堡中饿死，我们的前途多么悲惨啊，救救我们！”
在这种形势下，荷兰殖民者积极部署兵力，力求解rì惹之围。7月30rì，副总督兼荷军总司令德·科克亲自来到梭罗督战，并且控制梭罗王国，防止梭罗的王族参加起义军；还从三宝垄派出军队南下支援rì惹，但这支增援部队被慕尔约·圣迪科率领的起义军完全消灭了；随后，殖民者又组织兵力进攻起义军的大本营斯拉朗，蒂博尼哥罗回避大规模的战斗，下令部队撤退，殖民军扑了一个空。
起义军的节节胜利，大大鼓舞了爪哇广大地区的人民群众，抗荷斗争不仅波及rì惹王国，而且蔓延到其他地区。北到北加浪岸、三宝垄、南望、淡目，西到万由马士，东到茉莉芬，起义几乎席卷了爪哇岛的中部和东部。
在起义军取得一系列胜利的基础上，1825年10月，蒂博尼哥罗建立伊斯兰教王国，自立为素丹。从1827年开始，蒂博尼哥罗着手整顿军队，把起义军分成若干固定的队伍，作为联络和推动各地斗争的骨干力量。
荷兰殖民者为了镇压起义军，从巴达维亚、泗水和苏拉威西等地调来大量正规军；在三宝垄组织荷兰侨民的“志愿人员队伍”；还强迫梭罗素丹、马都拉素丹提供兵员组成雇佣军。之后，殖民军在范·兴上将的统领下，集中兵力围攻北加浪岸和三宝垄地区的起义军。接着殖民军总司令德·科克带了一支配有大炮的几千殖民军，向斯拉朗进攻，妄图一举抓住蒂博尼哥罗，摧毁起义政权。但起义军早已转移，斯拉朗已是一座空城。以后，德·科克又几次寻找起义军主力作战，都一再扑空。起义军采取游击战术，机动灵活地打击敌人，使荷兰殖民军疲于奔命，伤亡惨重。
1828年底，范·德尔·卡勃仑总督由于战争失利，被迫下台，遗缺由德·科克代理（后由迪·贝斯任总督）。德·科克一面采用碉堡战术，在起义军控制地区，每隔20公里至30公里筑一碉堡，并组织14个流动部队与各碉堡据点互相配合，企图围歼起义军；一面在起义队伍领导上层进行诱降分裂活动，拉拢一些封建主，允许他们在归附后可以占据“叛变者”的土地。殖民者的诱降分裂活动，在某些封建主身上产生了效果：1828年11月，蒂博尼哥罗的主要助手奇阿依·摩佐叛变投敌；1829年10月起义军的将领申托特和其他一些人也相继投敌。但是，蒂博尼哥罗在艰苦环境中，依靠农民群众支持坚持战斗，表现出不屈不挠的英勇气概。他既不屈服于荷兰的军事压力，又断然拒绝殖民者的多次诱降，甚至当殖民军俘获其长子，以杀害逼降时，也不为所动。
1830年3月8rì，蒂博尼哥罗被骗，前往马吉冷同德·科克进行停战谈判。在谈判中，蒂博尼哥罗坚持要在爪哇建立dú lì的伊斯兰教王国。荷兰殖民者背弃诺言，逮捕了蒂博尼哥罗及其随从，解往巴达维亚，后被流放到万鸦老，1834年又迁往望加锡。
蒂博尼哥罗领导的反荷起义在广大农民支持下，以农村为根据地，开展游击战争，坚持了五个年头，歼灭了15，000多名殖民军，使荷兰殖民当局消耗战费2000万盾，惩办了许多殖民官吏，烧毁了无数咖啡种植园，给荷兰殖民者以沉重打击。这次人民起义在印度尼西亚人民反殖mín zhǔ义斗争历史上写下了光辉的一页，并揭开了19世纪中期亚洲民族解放斗争高cháo的序幕。
荷兰殖民当局残酷镇压了爪哇人民大起义之后，为了弥补它在战争中所消耗的大量军费和克服国内所遇到的财政困难，变本加厉地对印度尼西亚进行剥削。
1830年至1870年，荷兰殖民者在印尼推行一种“强迫种植制度”，规定农民必须以八分之一的土地种植欧洲市场所需要的物产：甘蔗、蓝靛、咖啡、烟草等。全部收成，按规定的价格交售给zhèng fǔ。种植上述农产品的土地，免交地税。不适于种植经济作物的地方，农民交纳人头税，或每年以五分之一的工作时间为殖民地zhèng fǔ服徭役。荷兰殖民者为了有效推行强迫种植制度，还规定监督农民种植的封建主和官吏可分享总收成的一部分，授予大片土地和种种特权。
在这种制度下，农民所受的剥削大大加重。封建主为从中多捞油水，强迫农民种植土产的土地，不是八分之一而是三分之一，二分之一，甚至是全部；殖民zhèng fǔ规定的收购价格很低，往往不足以偿付劳动费用；被征发服徭役的农民，远离家乡，劳动时间长达100天、200天。由于农民种粮土地减少，如遇天灾歉收，大批死亡。如东爪哇的淡目，原有居民33.6万人，经过1848年饥荒，减至12万；克罗博安原有居民89，500人，经过1849年饥荒，仅存9000人。农民忍无可忍，时常集众反抗。
这个制度给荷兰殖民者带来了神话般的利润。印度尼西亚的输出额由1830年的1270万盾增长到1840年的7400万盾，即增长了近五倍。在实行这个制度的40年间，荷兰殖民者总共搜刮了8亿盾。这些资金流入宗主国，加速了资本的积累，推动了荷兰本国工业的发展。
与此同时，荷兰殖民者在印度尼西亚的侵略范围也迅速扩大。在18世纪末叶以前，荷兰对印度尼西亚的殖民统治，以爪哇及马都拉岛为中心，对其他外部诸岛不够重视，当时荷兰人把许多未征服的岛屿叫做“外部领地”。他们对“外部领地”不以夺取土地为目的，只在这些地方设置公司的经理处和堡垒，以控制封建主和加强对人民的掠夺。但是从1840年英国势力侵入北婆罗洲，加之苏伊士运河开通后，印度尼西亚和欧洲的市场航距缩短，欧洲资本家涌入印度尼西亚，刺激荷兰殖民者加紧侵占外岛。1846年至1849年间，荷兰向巴厘岛发动三次侵略战争，终于迫使当地王公承认荷兰统治，随后又把侵略矛头指向西加里曼丹。这里的华侨和印度尼西亚人民并肩作战，抗击荷兰的侵略。华侨的自卫组织兰芳公司在印尼人民的支援下一直坚持到1886年。1860年，荷兰殖民者吞并了南加里曼丹的马辰王国。在苏门答腊岛上，荷兰殖民者逐渐兼并许多dú lì的小邦。到70年代，印度尼西亚只有亚齐还保持着政治上的dú lì。