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元兴元年（公元四零二年）。正月。
这个世界原本就是一个不太平的世界。东方的孙恩之乱刚刚平息，西面又现战事。然而这次战乱却不是源自西、北方的那几个伪朝廷，而是源自大晋国内部。
皇帝下诏：桓玄擅杀封疆大臣，有不臣之心。特命骠骑将军司马元显为元帅、征西将军刘牢之为先锋率军西讨。
举国皆知，这其实是司马元显自己的主意。皇帝下诏，只是一个幌子而已。毕竟，如今的皇帝虽然高居宝座，只是垂拱而已。
司马元显、桓玄之间终究免不了一战，只是没有料到这一战会来得这样快，更没料到的是这一战竟然是在东南方刚刚平定孙恩之乱的司马元显挑起的。
司马元显的父亲司马道子受先帝遗诏辅政。原本期望道子能像伊尹、周公、霍光一样辅佐幼主，然而道子却借皇亲之尊、擅专职权。他一方面巧夺了皇帝的权力，另一方面排挤其他权臣，在朝中扶持自己的势力。
道子虽非皇帝，但其尊荣相比皇帝有过之而无不及。天下之事，仅凭他一人专断。对于这样的朝臣，年轻的皇帝亲政之后虽然表面尊崇道子，但是暗中也畏忌他的实权。
为了牵制司马道子，皇帝将自己的亲信派出去任封疆大吏。殷仲堪、王恭便是其中实权较大的两位。司马道子虽然准了二人外放，但是也并非全然不知皇帝的打算,但他自持门生故吏满天下，权倾朝野，并不将这些人放在眼里。
那些疆吏们虽然能够自如地培植自己的势力，但是要与司马道子相争，还缺乏实力。在道子的压力之下，也只得韬光养晦，不敢恣意而为。桓玄便是在此时依附上了殷仲堪。
当王恭集结外放大臣各自率兵进攻建康，以期推翻司马道子，救皇帝于擅权之苦时，殷仲堪也答应王恭一同出兵。但是，老奸巨滑的殷仲堪在王恭出征之后却以各种理由推迟发兵。直到王恭击败司马道子的前锋，并突破了建康的防线，殷仲堪才赶紧发兵支援王恭。
这一次诸侯逼宫的行动大获全胜，使得司马道子不得不向王恭妥协，杀掉了代替自己把持朝政的亲信大臣王国宝以谢诸军。
这次事件虽然使司马道子的威信受到损害，但是却从中发现了一个能够制约反对势力的人才。这个人就是桓玄。
于是，司马道子任命桓玄为广州刺史，以牵制荆州的殷仲堪。脱离了殷仲堪束缚的桓玄自此如鱼得水。加之治理军民有方，很快桓玄便在广州培植起自己的势力，建立起了既独立于晋国、又独立于荆州殷仲堪的自己的诸侯国。
王恭、殷仲堪等诸侯勤王之举只是杀掉了一个替罪羊。他们退兵之后，朝政又恢复了原样。王恭不得不又一次召集各路诸侯再次发兵逼宫。殷仲堪只好又响应王恭征召，领着桓玄等一同率兵前往会师。
上次因为故意拖延发兵而饱受指责的殷仲堪和桓玄，怀着志在必得之气，奋勇向前，唯恐再次落后而丧失军机、失去唾手可得的利益。一旦随王恭攻破建康、击败司马道子，其功可谓大矣！
正当各路诸侯跃马扬威挥军直下建康时，没想却栽了个大跟头。
各路军势如破竹，司马道子危如垒卵。然而，司马道子年仅十六岁的长子司马元显却认为不应当坐守建康束手就擒，而需要借助各路将领面和心不和的机会主动出击。
司马元显的判断无疑是正确的。
王恭是主谋，只要击破王恭，其他各路军队则望风披靡。于是司马元显设计瓦解王恭的部队。头一个目标就是王恭帐下的大将刘牢之。
刘牢之虽然是淝水之战的北府名将，可是在王恭手下并没有得到重用。仅如同一个偏将军一般，由主将随意摆布。
司马元显了解刘牢之之心，便派刘牢之的儿女亲家庐江太守高素去劝说，同时许诺说，如果杀了王恭就让刘牢之取代王恭之职。久不得志的刘牢之，自然起了反王恭之心。于是连同儿子刘敬宣、女婿高雅之临阵倒戈。司马元显趁机令谢琰、桓不才、高素等战将发动猛攻，一举击溃了王恭。
从西面赶来的殷仲堪、桓玄、杨佺期、庾楷等见东面的王恭被击败了，而且司马元显军势颇威，便不战而退了。
这一次诸侯逼宫以失败告终。除了王恭败亡以外，最觉窝心的就是殷仲堪。
上一次迟迟不发兵，结果王恭战胜。所有人都捞到了好外，连帐下大将诸如桓玄等都升职为州刺史，唯独殷仲堪自己没得到任何利益不说，反倒被诸侯们指责进攻不力；
这一次积极发兵，全力配合，一路凯歌高奏，眼看建康石头城遥遥在望了，没想到王恭本人却打了败仗，殷仲堪和各路诸侯们一样抱头鼠窜逃回荆州。
第一次进攻不力，把诸侯们得罪光了；第二次进攻太猛，又把司马道子父子得罪透了。殷仲堪两番出人、出钱、出力，结果都弄得两头不是人，郁闷之情可想而知。他索性就窝在荆州，不再理朝廷之事。
然而，殷仲堪不理会朝廷，朝廷可不能不理会他。他在荆州，终归是对司马道子、元显的威胁。于是，司马元显利用殷仲堪、杨佺期与桓玄的微妙关系而刻意挑拨，使得殷、杨、桓三人如同魏朝的曹、孙、刘三家一般，整日斗来斗去的内耗，根本无暇东顾。
这便是司马道子、司马元显最乐意看到的结果。
怎料到，殷仲堪这位在仕途多年的相、杨佺期这位在军旅多年的将，竟然全然不是桓玄的对手。一将一相的领地不出数月就被桓玄吞并。桓玄以其强大的势力，逼着司马元显承认自己为都督荆、江、广三州的刺史。
司马元显这时正被东面的孙恩搅得焦头烂额，为稳定桓玄，只能被迫将三州划拨到桓玄治下。
桓玄名义上只是督三州而已，然而这三州却是大晋国版图最大、人口最多、兵多将广的三州。三州合计占全国三分之二版图。大晋国虽然是皇帝的大晋国，但实质上，几乎成了桓玄的大晋国。
孙恩之乱平定之后，司马道子、元显父子认为终于可以腾出手来解决西部的问题。于是，司马元显请命朝廷，自任征讨桓玄之元帅，以刘牢之为先锋都督、征西将军，领江州事，率部属迎敌。