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比试之后，朱由检便任命阎应元为锦衣卫指挥使掌卫事。
阎应元训练的这一百二十人，都升为锦衣卫百户或百户以上的官职。
这也意味着，这一百二十人中的每人都可以率领一百人以上的队伍。
原先在幽都山秘密营地里，这一百二十人各自训练的一百人，可以名正言顺调拨在他们名下，成为正式的锦衣卫校尉。
如此一来，相当于阎应元直接掌握了一万两千的人锦衣卫精锐。
再加上他还可以整编消化现存的其他锦衣卫力量。
那就是两万人的实力，
有了这样的实力，朱由检终于可以放手大干一场了。
朱由检先是命令同样负责皇城守卫的金吾卫、羽林卫、虎贲卫合并入锦衣卫中。
把锦衣卫的组织分为四营二司。
分别是：
枢锐营、校事营、侍从营、缇骑营、北镇抚司、南镇抚司。
枢锐营编制两万人，汇集最精锐军人，一切训练都以实战为准则。
第一期枢锐营军官从阎应元训练的一百二十人中抽调。
以后长远计划，阎应元建议从全国各州县十四岁以下少年童生，通过层层考核，选拔出身体强健，头脑聪明，品格刚毅者一千人送至京城。
再经考核，选出三百人进入国子监讲武堂学习，每天进入皇宫内教场，由皇帝每日抽出一个时辰，亲自督率训练。
两年之后，将这三百人分送各边镇锻炼。
再一年，让这三百人各率兵比试。选出枢锐营军官。
校事营，编制正式成员六千人，临时成员不限。
主要负责各类情报侦查收集。
可在各行业各组织中发展秘密成员，建立直达中枢的秘密联络渠道。
触手可伸及边军、京营、各土司，境外属国、夷狄部落、宗藩王府。
侍从营编制三千人，可从枢锐营优中选优，选个人武艺高超者担任。
侍从营负责者为指挥佥事，阎应元推荐由张渊担任。
这张渊是跟随阎应元训练的的一百二十人之一，是北方武术大派绵张短打中的后起之秀。
现在二十四岁，从小苦练技艺。
若是空手，平常十多个壮汉近不得身。
难得是虽然出身于拳术世家，但器械也无一不精。
为人极聪明，各种阵法一点就通，一百二十人中的表现也是上乘。
所以阎应元特地推荐他来负责皇帝侍卫。
缇骑营散布各州县，为常设锦衣卫精锐骑兵组织。
每县至少常备十人。
可作快速传递消息，协捕重犯之用。
京城缇骑营三千人。
北镇抚司、南镇抚司功能作用不变。
另外把锦衣卫中原先负责仪仗功能的人员，全部分离出去，另设仪鸾卫。
专门负责仪仗列队等装门面的工作。
由于国事艰难，仪仗不可过于奢侈。
所以这个仪鸾卫的经费自然是尽量缩减到最小限度。
原先的锦衣卫高官如锦衣卫左都督郑士毅、指挥使张道浚、北镇抚司锦衣卫指挥刘侨、理刑指挥佥事吴孟明、南镇抚司锦衣卫指挥徐本高等人，都划入仪鸾卫中。
并且规定凡是属于恩荫世袭，无论是以前还是以后，都一概归入仪鸾卫，不得干预锦衣卫各营各司事务。
锦衣卫的各级校尉、将官都必须从最严格的考核选拔中产生，不得有任何人通过世袭和恩荫途径担任锦衣卫职位。
锦衣卫整改方案发布后，原先的锦衣卫高官大多面色如土。
不过他们却也没有办法反对。
毕竟整改锦衣卫，已经是通过文官尤其是兵部的认可。
至于鼓动锦衣卫造反，那他们无论如何没有这个胆子。
类似徐本高之类，本来就都是文官后裔。
在南方松江的老家，还有丰厚产业。
要是造反的话，那不是把整个家族都葬送了？
何况那些锦衣卫校尉也未必听他们的话。
所以尽管一肚子不情愿，原先的锦衣卫高官们也只得听从安排。
对锦衣卫的改组整顿，已经初具规模。
朱由检又找来阎应元，询问对京营的改编问题。
“京营当淘汰多少人马？”朱由检问。
“全不可用！”阎应元回答很简短。
朱由检一愣。
全不可用？
这不至于吧。
难道京营这么多人马，就都是草包废物？
阎应元看出皇帝的疑惑。
耐心解释道：
“戚少保论选兵，第一条便是‘切忌不可用城市油滑之人’’”
“如今这京营，积弊百年，营中之人都是几代累积而成的游手棍徒。”
“非但是城市油滑之人，乃是油滑之中尤其油滑者。”
“若有勤恳老实的，都不当营兵。
“凡当营兵，都是游手好闲，好吃懒做，顶冒了营兵名额，坐吃军饷。”
“这等人，如何可用？”
朱由检皱眉道：
“这京营原额当有十二万人，如今便是吃空饷，实剩六万人，也未必这六万人都不中用，难道就没有几个老实的在内。”
“陛下岂不闻‘蓬生麻中，不扶而直；白沙在涅，与之俱黑’？”阎应元继续解释。
“一处风气若坏了，必定是一片皆坏。就原本老实的人在里面，那棍徒**又岂能容他一人独好，必定也要把他带坏了才肯罢休。”
“这么说来，这京营只有另起炉灶了？”朱由检盯着阎应元的眼睛。
“正是！”阎应元回道，“昔日戚少保在浙江抗倭，也是卫所兵不中用，必须另起炉灶，到义乌选兵，练成一支劲旅，才济事。”
“卿说的是！”朱由检点头，“只是这原先的京营全部裁汰，六七万人骤然失饷，只怕闹出乱子。若是不裁汰，照旧养着，又未免空耗钱粮！”
阎应元微微一笑：“与其朝廷裁他们，不如让他们自己退出！”
朱由检眼睛一亮。
阎应元继续道：
“不仅要让他们自己退出，还要他们退出时给朝廷缴纳银子。”
接着他详细讲述了自己的方案。
朱由检听后欢喜，自己果然没有用错阎应元，当真是足智多谋。
一天之后，阎应元便被任命为锦衣卫指挥兼管京营提督
上任之后，阎应元先下令在京营中增补一千人。
这很正常，京营中本来就不少缺额，再加上襄城伯李守琦的折腾，填补一千人不算什么。
过了十天，阎应元下令京营三大营人马齐聚教场。
说是皇帝登基以来，尚未犒赏过京营将士。
此次特降恩典，正饷之外要赏赐京营全体将士，每个士兵四两银子。
听说可以领银子，营兵人人欢喜。
到了规定时间。
这京营教场上，黑压压一片，六万人汇聚场上。
到场的营兵惊奇的发现场地靠围墙，四边搭起了长棚。
长棚下摆有桌椅。
那十天前新招募的一千营兵，现在却都穿着锦衣卫服色，相隔一定距离，坐在桌后。
也不知道是何意图。
营兵们纷纷议论，有说是要从京营里挑选锦衣卫。
有说新任京营提督是锦衣卫指挥使，想必是让锦衣卫和京营联络感情。
桌子上等会想必要摆满酒菜，喝酒吃肉一起联欢。
这后一种说法让众人颇为信服，顿时个个喜笑颜开。