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姜炎携同女登周游世界，并在凡人身上见证生老病死，于是从炼丹法门中提取药学，并尝百草完善药理，撰写出《神农百草经》。
伏羲退位人皇，神农炎帝退位。
之后道祖出现，以伏羲不隐神农不出为由困伏羲于火云洞。
李玄受道祖的霸道而感到无力。
岁月悠悠，春去秋来。
巫族部族有大巫蚩尤建立蚩尤部，人族有贤才轩辕氏建轩辕部族。
随时间的流逝，逐渐变成神农炎帝、轩辕黄帝、蚩尤三族争霸的格局。
黄帝师从阐教，后在阐教的力量相助下败蚩尤。
后，神农炎帝退位，亦居火云洞。
李玄眼睁睁看着一代代人皇攀上高峰却又被限制自由，下定决心不再奢望道祖会对他们这群蝼蚁怀有仁慈。
默默等到五帝时期结束，李玄明修栈道暗度陈仓，将火云洞直接挪往幽冥界，并设天地人三大帝及五方鬼帝。
人界与冥界的开始气运紧紧相连。
有幽冥之主平心在，道祖无奈做出妥协，承认李玄所做之事，却又将泰山府君东岳大帝的名头安在了他头上，并受天庭管辖。
至此，天地人三界隐隐成为一体。
而后，李玄借昊天分神下凡之际化身教导，并在昊天重新归位后拉进了与其的关系，天帝一系与他的关系有了转变……玄都也有了新称号，五显灵观大帝——玉帝之师。
之所以为玉帝之师，是因为在此期间天帝昊天携瑶池受玄都影响，决心以生灵为本治理三界，无奈被道祖破坏，天帝天后化玉帝王母。
至此，李玄彻底失去对道主的信任。
道主就如封建大家长一般，认为洪荒只有在他的安排下才能发展得更好。
李玄找到三圣和女娲，讲出了心中一直隐藏的东西和对未来的打算。
之后，唯一的问题就是——由于成圣时天道收走他们的一线真灵，他们无法帮到李玄对抗道祖。
唯有李玄以力证道，成就真正的圣人。
过程不多叙述，结局就是封神到来之前，李玄玄功大成，并在平心、三圣女娲、人巫妖三族、昊天等冥界、人界、天界三界之力的帮助下，融三件先天至宝成开天斧，具灭世大磨和弑神枪为灭世刃，于混沌中战道祖。
但道主有洪荒天道做倚仗。
最后，平心选择化自身本源，与李玄阴阳相融，助其成就混元无极大罗金仙之果位，以盘古开天之力胜道祖。
道祖之死，李玄又以开天之力剥离自身之道，补全洪荒最后缺失的道则生与死，从此再无人为控制洪荒发展。
天道化大道，生生不息。
仙神从此归隐幽冥之界，三界化两界，是为生死界，又两界合一界，是为真正的洪荒世界。
世界无序化有序，方为宇宙。
冥界，李玄身着黑白阴阳道袍，独自坐在槐树林中下着五子棋。
一阵氤氲之后，黑白道袍化为纯白，对面，出现一黑裙女子捏着一颗黑子落于棋盘之上。
五子连成一线。
“我赢了。”女子笑靥如花，身形优雅曼妙，峰峦如聚，“你赢了世界，我赢了你。”