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大洪水之后，亚特兰蒂斯文明在印度次大陆仍然残存。他们的文明一直延续到BC4120年。被称为印度河文明，或哈拉帕文明。
亚特兰蒂斯白人虽然占据上层建筑，但是人口构成已经发生很大变化。由于外来人口（早期与晚期智人）的大量流入，且亚特兰蒂斯人口较少，所以当时的主要有色人种即黑头发的黄种人，大量分布于欧亚大陆，其中印度由于气候适宜，所以流入的人口更多，直接改变了印度次大陆的人口构成比例。亚特兰蒂斯人作为掌握较高科技的土著，成为政权的领导者，而黄种人由于科技处于劣势，且为逐渐流入，所以成为白种亚特兰蒂斯人的附庸。但是在与亚特兰蒂斯人的逐渐接触中，渐渐掌握了亚特兰蒂斯人的科技使用方法。当然核心科技比如核武器这样的秘密是不可能得到的。
印度河文明主要是农业文明。居民主要从事农业和家畜饲养业。主要农作物有小麦和六行型大麦，此外，当地居民还种植紫花豌豆、甜瓜、芝麻、芥末、椰枣和棉花——印度河流域是最早用棉花织布的。印度河文明采行灌溉农耕方式，一则有足够的技术在广阔肥沃的印度河流域收获作物，再则可控制每年一度既会肥沃土地又会制造祸患的水灾。驯养的动物有狗、猫、瘤牛、短角牛、家禽、猪、骆驼、驴、水牛、大象。驯养大象和水牛在田里干活。象牙的使用颇为普遍。
农具发现有燧石犁头、铜锄和镰、石磨盘和磨棒等。
BC4500年，陶器传入印度河流域，并且很快出现彩陶。陶器多为轮制，即雅利安文明发明了陶轮。胎呈红色或黑色，多为素面陶，烧制颇精。大量陶器施红衣黑彩，母题为圆圈纹、鱼鳞纹等几何纹及图案化植物纹、鸟兽虫鱼等象生纹。器形有杯、碟、碗、瓶、扁壶、带流壶等，而以高圈足的盘和通体带孔的圆筒深腹器最富特征。另有一种彩釉陶制品，主要为串珠、护身符、印章和小容器。
居民也从事渔猎和各种手工业。印度河文明在世界上最早进入铜石并用时代，用红铜制造斧、锛、锄、镰、凿、锯、鱼钩、刀、矛、镞、剑、锤、剃刀、容器、人像和动物雕像等。也有铅制的小瓶和垂球、银容器及金饰物等。
出土的纺轮和棉织品残块表明已经有了棉纺织业。印章上的船只图形表明有造船业。此外，还有制作串珠、镶嵌、梳子、手镯的贝壳和象牙加工业，有生产石叶工具、雪花石膏容器、皂石凹刻印章、宝石珠及其他饰物的石料加工业，其中尤以蚀刻的肉红玉髓珠制作最为精巧。物质文化的一致性，以及有些石器制作场的浩大规模及其所产石叶的广泛分布，说明该文化内部的各城市各地区之间有密切的联系。
出土的石雕数量不多，雕工较粗，造型呆板，有人像和羊身象鼻之类的合体兽卧像，最著名的是摩亨佐达罗出土的一件男子胸像。
印度河文明出土大量用皂石以及象牙、红铜、陶土制作的印章，主要为正方形和长方形两种，前者凹刻独角兽、象、牛、虎等动物和铭文，后者只有铭文。推测印章除用于贸易外，一部分还具有宗教性质。有一种长方形或正方形的铜片，制工颇精，铸后锻平，也刻有铭文和动物或人像，有人认为这是红铜书板。首饰有金制的圆形和长方形饰牌、臂环、耳坠，还有金、银、宝石、彩釉陶，贝壳等制成的珠子，串成项链和腰带。印章上铭文为象形文字，上一行由左往右读，下一行由右往左读。这种写法也为早期希腊人所仿效，被称为"由左而右，复由右而左交互成行之书法"——"就象牛犁地一样"，至今无人能够解读。
从寺庙、礼仪沐浴池、雕像、印章和护身符等遗物推断，该文化有其自身的宗教体系，崇拜男神、女神（这是后来湿婆神夫妇的原型）以及牛神、虎神、蛇神和树木神等。卡里班甘城房址中的火塘及其中央的土坯砌圆柱体，表明这里还崇拜火神。有些出土的画品上还绘有修行者跌坐和冥想等形象，这些宗教信仰和实践与后世印度民间信仰的湿婆崇拜和瑜伽修习等有一定的联系。
死者葬于城外墓地，为土坑墓或砖室墓，仰身直肢，头多向北，身上有装饰品。还有曝尸后收拣遗骨的埋葬和埋在住房内外的骨灰瓮。在罗塔尔城址发现有男女合葬。
印度河文明包括哈拉帕和摩亨佐－达罗两个大城市以及100多个较小的城镇和村庄。摩亨佐－达罗（巴基斯坦信德省拉尔卡纳县）和哈拉帕（印度旁遮普省拉维河左岸），人口估计各为3～4万。两个大城市方圆都超过5公里，属于一个大帝国。初期以摩亨佐－－作为京城，摩亨佐－达罗是世界上最早建立的城市；后来由于洪水侵袭改为以哈拉帕为京城，但摩亨佐仍为大城市。
印度河流域的城市在当时是独特的，因为这些城市不是象养兔场那样任意建造的，而是按照一个中央计划精心建成的。城市布局一般分为西面的卫城和东面的下城两部分。卫城是统治者的住地，长方形，四周有城墙和壕沟，城墙上建若干望楼。主城门多在西南角。城内的建筑一般有夯土或土坯台基。城市布局以卫城为中心呈网格状分布，有市政建筑、市场、作坊、储存区、居民住宅和神庙。市区有四通八达的街道，宽阔的主要街道环绕长方形的大街区，各街区比今日城市通常的街区要大得多。
每户居民住宅都围著一个院子建成，有几个房间、一间厕所和一口水井。市民的住房家家有井和庭院。住宅区各处均设有岗哨。
最令考古学家惊异的是发达的废物处理系统，包括有盖板的排水系统和倒垃圾的斜槽以及完整的排水系统。其完善程度就连现今世界上数一数二的现代都市也未必能够达到。二楼冲洗式厕所的水可经由墙壁中的土管排至下水道，有的人家还有经高楼倾倒垃圾的垃圾管道。从各家流出的污水在屋外蓄水槽内沉淀污物再流入有如暗渠的地下水道，地下水道纵横交错，遍布整个城市。面对如此密集的地下水道，人们不禁瞠目结舌。
建筑材料多为烧砖和土坯，近山区则用石料。这与后来的美索不达米亚（建筑物用的是太阳晒干的砖）、埃及（建筑物用的是石头）不同。在其它古代文明中，砖块只用于王宫及神殿的建筑，而印度河文明普遍使用砖块建筑。整个印度河流域做砖的模子只有两种标准尺寸：11x5．5X2．5英寸和9．2x4．5X2．2英寸。可见，各地的度量衡也是一致的。如此整齐划一的布局和有条不紊的组织遍布整个印度河文明区。该文化有标准的度量衡制。分析出土的燧石砝码表明，低数用二进制，高数用十进制。发现两种尺，分别合37.6和51.8～53.6厘米。