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公孙轩辕继位不久，作为臣子，晋见炎帝。炎帝之女彤鱼氏喜欢年少英俊的公孙轩辕。炎帝在大臣的撺掇之下趁此机会欲要吞并有熊氏，派兵抓捕黄帝。消息被彤鱼氏知道，及时通知了公孙轩辕。公孙轩辕逃离涿鹿。随后联盟破裂，两族发生全面战争。九黎方面的首领蚩尤带着大将夸父作为联盟的敌人趁机以帮助炎帝平定叛乱的名义进入河北，占据了冀州，加入炎帝一方与有熊式敌对。此时的冀州只是一座城的名字，后来渐渐演变为对整个山西和河北的统称。
这是华夏集团内部两个同源共祖的远缘亲属部落间的一场争雄的战争。在口耳相传的谱系中，他们的先祖都是从与有峤氏（有娲氏）互为婚姻集团的伏羲氏分裂出的女儿氏族，有熊氏作为伏羲氏的一支，发祥于姬水（古漆水，发源于今陕西麟游西偏北的杜林，于武功入渭）。以姬水成者，即姬氏族，后被炎帝神农氏驱逐至长城以北的辽河流域，变伏羲氏的“天鼋”(即黄能)图腾，为以“黄熊”为图腾。同时信奉伏羲氏创制的龙图腾。而炎帝神农氏发祥于姜水（陕西境内的渭水上游一带，今宝鸡尚有清姜河），以姜水成者，即姜氏族。
在数千年的历史进程中，这两个古氏族日益繁荣、昌盛，分裂出很多女儿氏族，发展成很多部落，除了留在祖居之地的以外也有不少支系四外发展，开辟新的生存空间。
由于参战的两个部落都有很强的实力，所以战争经历了十年的时间，战争的规模越来越大，轩辕未能打败炎帝，只好退兵。为此，轩辕忧心仲仲，日夜盼望能有贤哲辅佐他。
有一天晚上，他梦见大风吹走了天下的尘垢。接着又梦见一个人手执千钧之弩驱羊数万群。醒来后，心觉奇怪。暗想，风，号令而为主；垢，是土解化清，天下难道有姓风名后的人吗？千钧之弩，是希望为能致远，驱羊数万群，是牧人为善，难道有姓力名牧的人不成？于是便派部下在天下到处访寻这两个人。结果在海隅找到了风后，在泽边找到了力牧。
BC2707年，黄帝以风后为相，力牧为将，黄帝率领“熊、罴、狼、豹、貙、虎”六部军队在阪泉之野（北京市延庆县）与炎帝摆开战场，史称“阪泉之战”。历经三个战役阶段。
六部军队各持自己的崇拜物为标志的大旗，黄帝用周鸟鹗、鹰颤为旗帜，以熊罴虎豹为前驱，列开了阵势。
开始阶段，炎帝在黄帝没有防范的情况下，先发制人，以火围攻，使得军营外面经常浓烟滚滚，遮天蔽日，应龙（这是伏羲氏开创的以龙纪官的传统，应龙为官职，代表着官职为应龙的大臣，类似后世的兵部尚书）用水熄灭火焰，黄帝帅兵将炎帝赶回阪泉之谷，嘱手下士兵只和炎帝斗智斗勇，不伤其性命。在阪泉河谷中，竖起七面大旗，摆开了星斗七旗战法。
炎帝火战失利后，面对星斗七旗战法，无计可施，一败涂地，躲回营内不敢挑衅。黄帝仰慕炎帝部落（中原王朝）的医药和农耕技术，决心与其携手创建文明国家。他在炎帝营外摆阵练兵，千变万化的阵法层出不穷，星斗七旗阵，让炎帝的士兵看的眼花缭乱，在长达三年多的操练中，使各部的战斗力逐渐增强，而炎帝利用崖头作屏障，只能观望阵势。然而，黄帝在这三年多的时间内，一边以星斗七旗战法练兵做掩护，一边派兵日夜掘进，早将洞穴挖到炎帝营的后方。忽一日，黄帝兵将突然窜出，偷袭了炎帝阵营，活捉了炎帝。蚩尤和夸父逃脱后，逃回了冀州。
BC2703年，炎帝统治被推翻，炎帝退位，炎帝的女儿彤鱼氏嫁给公孙轩辕，成为黄帝第三妃。两族开始融合。
炎帝神农氏姜榆罔末代首领，被降封于洛，耻于受封，遂迁于潇湘茶乡之尾（故崩葬于潇湘茶乡之尾)，当地民众仍以帝王之礼厚葬了他，即今湖南炎陵的炎帝陵。
炎帝时代这8个部落统治时期，国都时有迁徙，有都古陈地的，有都尹的，有都耆的，有都曲阜的。所以后人发现多地都有炎帝陵墓。
故湖北随州有炎帝陵，为第一代炎帝烈山氏（神农氏）姜石年的陵墓。山西高平有炎帝陵，河南商丘有炎帝陵，陕西宝鸡有炎帝陵，当为另六位炎帝神农氏某三位帝王的陵墓。
蚩尤和夸父逃脱后，逃回了冀州。他们手下的81个小头目中有21个被俘，其中有两个俘虏，一个叫蛮角，另一个叫利石，试图逃脱，但是没有成功，被应龙抓住。
轩辕的部下一致认为要杀了蛮角、利石二人，但轩辕认为：大家不要抢夺别人，更不能随便杀人。我们都应该以礼相待，和平共存，你抢我杀，对谁也没有好处。所以决定将所有俘虏，一个不杀。并命人把食物，分发给所有俘虏。又命蛮角和利石两人负责把全部伤病俘虏带回去。
蚩尤和夸父见轩辕将被俘人员全部放了回来，大吃一惊。蛮角和利石一再对蚩尤讲轩辕的仁义。蚩尤听着就怒气冲冲地一脚踢开蛮角，一斧砍死利石，蚩尤气急败坏。其余的被俘人员，一看心惊胆战，暗暗流泪。蚩尤又命夸父把轩辕放回来的所有被俘人员，全部押解到冀州修筑城池，不许他们和其他人接触，更不许和亲人见面。
蚩尤却又说轩辕如何残酷地杀害被俘人员，他要求部下牢记这笔“血债”，加紧练武，准备复仇。
蚩尤发动他的兄弟们，又召集了南方的苗民，以及山林水泽间的魑魅魍魉等鬼怪（代表各蛮族），率领大军，打着为炎帝报仇的旗号，向黄帝发起了挑战。黄帝听到蚩尤发动大军也不禁大吃一惊，他想施以仁义感化蚩尤，但蚩尤并未被感化。